בעקבות הצלחת המחזור הראשון של תוכנית "מחליפים מילה בחינוך", יצא לדרך בתחילת שנת הלימודים המחזור השני של התוכנית, בהובלת "מחליפים מילה - יוזמות הנשיא למחר ישראלי משותף" בשיתוף בית הנשיא ומשרד החינוך. לאור הצלחת המחזור הראשון, במחזור השני השתתפו כ-120 מנהלי בתי ספר ומנהלי מחלקות חינוך מכלל המגזרים והקבוצות בחברה הישראלית.
במהלך התוכנית עברו המשתתפים תהליך עומק של היכרות, הקשבה ודיאלוג עם הקבוצות השונות המרכיבות את החברה הישראלית. הם נחשפו לעולמות תוכן מגוונים, למגוון התרבותי של הקהילות השונות, וכן לנקודות הכאב ולאתגרים המלווים אותן ופיתחו יוזמות ליישום התהליך שעברו. בסיום התהליך פיתחו המנהלים מיזמים חינוכיים משותפים בין בתי ספר, שנועדו לחזק את ההיכרות, השיח והשותפות בין תלמידים, צוותי הוראה וקהילות שונות ברחבי הארץ. המיזמים עסקו, בין היתר, בחיבורים בין חדרי מורים, במפגשי תלמידים, ביוזמות קהילתיות ובתוכניות חינוכיות משותפות לקידום הלכידות החברתית. במפגש הסיכום של המחזור השני השתתפו נשיא המדינה, מר יצחק הרצוג, רעייתו מיכל, ומשפחתו של אל"מ אסף חממי ז"ל, אשר שיתפו את המשתתפים בסיפורו, בערכיו, במורשתו ובדרכו הפיקודית. אליהם הצטרפו גם כ־20 מנהלים בוגרי המחזור הראשון, הממשיכים לקחת חלק ברשת הבוגרים של התוכנית.
סיגל קנוטופסקי, ראש מערך האסטרטגיה בבית הנשיא: "דווקא בתקופה מורכבת זו, שבה החברה הישראלית מתמודדת עם אתגרים ביטחוניים, חברתיים ורגשיים חסרי תקדים, היכולת להקשיב זה לזה, להכיר במציאות ובצרכים של האחר ולפעול יחד למען מטרות משותפות — היא יסוד הכרחי לעתידה המשותף של החברה הישראלית"
אינה זלצמן, סמנכ"לית בכירה ומנהלת המינהל הפדגוגי במשרד החינוך: " כמינהל פדגוגי, אנו רואים בחינוך ללכידות חברתית אחד מיסודות מערכת החינוך. תוכנית 'מחליפים מילה' היא ביטוי מובהק לחזון זה. אנו מחויבים להמשיך ולתמוך בעשייה זו גם בעתיד, מתוך הערכה למסירותם ולהובלתם של המנהלות והמנהלים, שהופכים את 'מחליפים מילה' לתוכנית משמעותית ומשפיעה".